Eine kleine Bakerzyste, die keine Beschwerden verursacht, muss nicht unbedingt operiert werden. Es gibt auch die sogenannten primären Poplitealzysten, diese sind angeboren und verursachen ebenfalls oft keine Beschwerden. Symptomatische Bakerzysten, solche die als Symptom einer anderen Kniegelenkschädigung entstehen, können zunächst konservativ behandelt werden. Dabei werden schmerzstillende und entzündungshemmende Medikamente verabreicht und begleitende Physiotherapie kann die Beschwerden lindern. Die Therapie sollte zugleich aber abgestimmt werden auf die ursächliche Gelenkschädigung (Meniskus- oder Knorpelschaden), die der eigentliche Auslöser für die Zyste ist. Bleibt die konservative Methode erfolglos, so sollte vorrangig die zu Grunde liegende Ursache (Knorpelschäden, Meniskusriss, etc.) eventuell arthroskopisch behandelt werden. Dies führt dann meist auch zu einem Verschwindenb oder einer deutlichen Abnahme der Beschwerden der Bakerzyste. In seltenen Fällen kann die Bakerzyste selbst auch operativ entfernt werden.